二手安捷倫氣相色譜儀的色譜部分和一般的色譜儀基本相同，包括柱箱、氣化室和載氣系統。除特殊需要，多數不再裝檢測器，而是將MS作為檢測器。此外，在色譜部分還帶有分流和不分流兩種進樣系統，程序升溫系統，壓力、流量自動控制系統等。色譜部分的主要作用是分離，混合物樣品在合適的色譜條件下被分離成單個組分，然后進入質譜儀進行鑒定。色譜儀是在常壓下工作，而質譜儀需要高真空，因此，如果色譜儀使用填充柱，必須經過一種接口裝置-分子分離器，將色譜載氣去除，使樣品氣進入質譜儀。如果色譜儀使用毛細管柱，因為毛細管中載氣流量比填充柱小得多，不會破壞質譜儀真空，可以將毛細管直接插入質譜儀離子源。
　　該儀器的重復性高，取決于定量環技術、惰性材料、溫控技術、清洗技術和穩定的自動化控制技術等。可與其他氣相色譜聯用，無需改裝色譜實現氣體進樣。內置在線軟件，可實現24小時無人值守操作和工業過程監測。每次分析間隔可以自動清洗全部管路；PC端軟件簡單易用。定量環進樣，進樣體積精準，進樣體積可以定制；取樣時間，進樣時間，進樣次數均可自行設定。
　　建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體，這樣不但會提高儀器的高靈敏度，而且會延長色譜柱，二手安捷倫氣相色譜儀的壽命。實踐證明，作為中高檔儀器，長期使用較低純度的氣體氣源，一旦要求分析低濃度的樣品時，要想恢復儀器的高靈敏度有時十分困難。對于低檔儀器，作常量或半微量分析，選用高純氣體，不但增加了運行成本，有時還增加了氣路的復雜性，容易出現漏氣或其他的問題而影響儀器的正常操作。