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Orbitrap Fusion三合一不同掃描方式的對比

發布時間:2023-11-13       點擊次數:1089

具有靈活多樣的掃描組合方式是Orbitrap Fusion的優勢之一,包括可以使用CIDHCDETDDDDT等不同的裂解模式,可以使用Orbitrap或離子阱掃描檢測,可任意選擇破裂和檢測模式進行MS分析,可同時選擇多個二級離子進行三級定量分析(SPS技術)等。

通過考察蛋白質組學最常用的掃描方式:OT-HCD-ITOT-CID-ITOT-HCD-OTOT-CID-OT。使用這四種掃描方式對酵母全蛋白進行60分鐘有效梯度的數據采集,并對鑒定結果進行分析、比較。

比較了四種掃描方式在蛋白鑒定數量、肽段鑒定數量、PSM數量、譜圖數、譜圖鑒定率五方面的差異,并以OT-HCD-IT結果作為100%進行歸一化。

結果表明,OT-HCD-IT由于速度zui快,因此獲得的譜圖數和鑒定數zui多;OT-CID-IT相比前者掃描速度略慢5%,因此獲得的結果略少,譜圖數和蛋白鑒定數約是前者的95%OT-HCD-OTQ-Exactive質譜的掃描方式相同,由于無法實現一級二級的同時運行,譜圖數和蛋白鑒定數分別是OT-HCD-IT70%85%OT-CID-OT速度zui慢,譜圖數和蛋白鑒定數分別是OT-HCD-IT60%75%。此外,四種掃掃描方式鑒定率相差不大,表明數據質量沒有明顯差異。

HCD相比,CID雖然速度略慢且有三分之一效應,但靈敏度更高,更適合于低豐度蛋白和少量樣本分析。二級Orbitrap檢測常用于定量蛋白質組學研究,TMT/iTRAQ標記定量、PRM定量都要用到二級分辨率、高質量精度。四種掃描方式有著各自的特點,適用于不同的應用方向,所以根據實驗目的不同選擇合適的掃描方式非常重要。

570319569

TEL:400-800-3875

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