具有靈活多樣的掃描組合方式是Orbitrap Fusion的優勢之一，包括可以使用CID、HCD、ETD、DDDT等不同的裂解模式，可以使用Orbitrap或離子阱掃描檢測，可任意選擇破裂和檢測模式進行MS分析，可同時選擇多個二級離子進行三級定量分析（SPS技術）等。

通過考察蛋白質組學最常用的掃描方式：OT-HCD-IT、OT-CID-IT、OT-HCD-OT、OT-CID-OT。使用這四種掃描方式對酵母全蛋白進行60分鐘有效梯度的數據采集，并對鑒定結果進行分析、比較。

比較了四種掃描方式在蛋白鑒定數量、肽段鑒定數量、PSM數量、譜圖數、譜圖鑒定率五方面的差異，并以OT-HCD-IT結果作為100%進行歸一化。

結果表明，OT-HCD-IT由于速度zui快，因此獲得的譜圖數和鑒定數zui多；OT-CID-IT相比前者掃描速度略慢5%，因此獲得的結果略少，譜圖數和蛋白鑒定數約是前者的95%；OT-HCD-OT與Q-Exactive質譜的掃描方式相同，由于無法實現一級二級的同時運行，譜圖數和蛋白鑒定數分別是OT-HCD-IT的70%和85%；OT-CID-OT速度zui慢，譜圖數和蛋白鑒定數分別是OT-HCD-IT的60%和75%。此外，四種掃掃描方式鑒定率相差不大，表明數據質量沒有明顯差異。

與HCD相比，CID雖然速度略慢且有三分之一效應，但靈敏度更高，更適合于低豐度蛋白和少量樣本分析。二級Orbitrap檢測常用于定量蛋白質組學研究，TMT/iTRAQ標記定量、PRM定量都要用到二級分辨率、高質量精度。四種掃描方式有著各自的特點，適用于不同的應用方向，所以根據實驗目的不同選擇合適的掃描方式非常重要。